Karlsen kommer fra stillingen som politiinspektør og leder av stab i Utrykningspolitiet. Han har bakgrunn både som polititjenestemann og påtalejurist. I 2003 ble Runar Karlsen utnevnt som visepolitimester i Telemark og senere var han konstituert politimester.

Han har vært en pådriver for å samarbeide med politidistriktene for å heve deres påtalemessige kompetanse ved trafikksaker, skriver Justisdepartementet i en pressemelding.